Pe 27 decembrie 2018, Duță a fost trimis în judecată de procurorii din cadrul Direcției – Secția de combatere a infracțiunilor asimilate infracțiunilor de corupție, sub control judiciar. Aceștia îl acuzau că “în perioada 2010 – 2012, inculpatul Duță Nicolae Lucian, în calitate de președinte al Casei Naționale de Asigurări de Sănătate, a pretins de la reprezentanții a două firme de software un comision de 10% din valoarea fiecărui act adițional sau contract pe care l-a semnat în această calitate și a primit suma totală de 6.300.000 de euro, dintre care 5.500.000 euro prin transferuri bancare și 800.000 euro în numerar“.
La sfârșitul lunii noiembrie 2020, Tribunalul București l-a condamnat pe Lucian Duță la 6 ani închisoare pentru săvârșirea în formă continuă a infracțiunii de luare de mită, cu executare în regim de detenție. Astăzi, Curtea de Apel București a menținut sentința și l-a condamnat definitiv pe fostul șef al CNAS.